Tuy cùng cấp hạt, nhưng chính quyền của các phường đặc biệt được trao nhiều chức năng hành chính hơn so với các thị trấn và xã, nhưng kém hơn so với các thành phố. Vài điểm tiêu biểu là phường đặc biệt không đảm nhiệm dịch vụ cung ứng nước sạch, điều hành cống rãnh hay cứu hỏa.

Từ năm 1947 đến 1952, phường trưởng - người đứng đầu chính quyền các phường đặc biệt - là do chính quyền đô Tokyo bổ nhiệm. Tuy nhiên, từ năm 1952 trở đi, phường trưởng là do cư dân trong phường bầu lên.